В качестве заметки…

При изменении innodb_log_file_size придется остановить сервер и удалить (или переименовать) старый лог файл, для чего могут потребоваться рутовые права. Если же старый файл не удалять, mysql просто откажется стартовать.
Моя выжимка из конфига (не самая сильная dev-машина, 3G RAM, Dual CPU E2140 @ 1.60GHz)

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17

[innodb]
innodb_buffer_pool_size = 1024M
innodb_flush_method = O_DIRECT
innodb_log_file_size = 256M
innodb_log_buffer_size = 4M
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
innodb_thread_concurrency = 8
 
[mysqld]
log_slow_queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 1
log-queries-not-using-indexes
 
default-storage-engine = InnoDB
 
collation_server=utf8_general_ci
character_set_server=utf8

и вот ещё из другого источника
innodb_buffer_pool_size – 70 – 80% оперативной памяти. Я ставлю это значение в 12G на системе с 16G RAM
innodb_log_file_size – зависит от необходимого вам объема данных для восстановления, но 256МБ будут разумным компромиссом между производительностью и рамером лог-файла
innodb_log_buffer_size=4M – 4 мегабайта – нормальное значение, если вы не используете подачу больших блоков данных в InnoDB через каналы (pipes). Если используете, это значение лучше увеличить.
innodb_flush_logs_at_trx_commit=2 – если вас не особо заботит ACID, и вы можете себе позволить потерять транзакции за последние секунду или две, в случае полного краха ОС, то установите это значение. Но это может повлечь печальные эффекты при коротких записях транзакций.
innodb_thread_concurrency=8 – даже при имеющихся InnoDB Scalability Fixes будет совсем не лишним иметь ограниченное количество потоков. Значение может быть больше или меньше в зависомости от ваших потребностей, но 8 будет оптимальным значением для начала.
innodb_flush_method=O_DIRECT – избегайте двойной буферизации и уменьшите активность swap, в большинстве случаев это увеличивает производительность. Но будьте осторожны, если у вас нет RAID с возможностью сохранения данных, операции ввода-вывода могут проходить некорректно и данные могут быть повреждены.
innodb_file_per_table– если у вас немного таблиц, используйте эту опцию и рост занимаемого таблицами места не будет бесконтрольным. Эта опция добавлена в MySQL 4.1 и сейчас достаточно стабильна для использования.

Проверьте также, могут ли ваши приложения запускаться в режиме изоляции READ-COMMITED. Если это так, то установите опцию transaction-isolation=READ-COMITTED. Этот вариант увеличит производительность.

http://boombick.org/blog/posts/11
http://habrahabr.ru/post/108418/