В debian и ubuntu добавили пакет iptables-persistent
который использует iptables-save/iptables-restore

1
2

#service iptables-persistent 
 Usage: /etc/init.d/iptables-persistent {start|restart|reload|force-reload|save|flush}

после настройки правил как нужно, сделать service iptables-persistent save и при следующей загрузке они будут применены.